img
img
A compound graph layout algorithm for biological pathways      
Yazarlar (5)
Ugur Dogrusoz
Bilkent Üniversitesi, Türkiye
Erhan Giral
Bilkent Üniversitesi, Türkiye
Ahmet Cetintas
Bilkent Üniversitesi, Türkiye
Prof. Dr. Ali ÇİVRİL Prof. Dr. Ali ÇİVRİL
Bilkent Üniversitesi, Türkiye
Emek Demir
Bilkent Üniversitesi, Türkiye
Devamını Göster
Özet
We present a new compound graph layout algorithm based on traditional force-directed layout scheme with extensions for nesting and other application-specific constraints. The algorithm has been successfully implemented within Patika, a pathway analysis tool for drawing complicated biological pathways with compartmental constraints and arbitrary nesting relations to represent molecular complexes and pathway abstractions. Experimental results show that execution times and quality of the produced drawings with respect to commonly accepted layout criteria and pathway drawing conventions are quite satisfactory.
Anahtar Kelimeler
Bildiri Türü Tebliğ/Bildiri
Bildiri Alt Türü Tam Metin Olarak Yayınlanan Tebliğ (Uluslararası Kongre/Sempozyum)
Bildiri Niteliği Web of Science Kapsamındaki Kongre/Sempozyum
Bildiri Dili İngilizce
Kongre Adı
Kongre Tarihi /
Basıldığı Ülke
Basıldığı Şehir
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
Atıf Sayıları
WoS 17
SCOPUS 27
Google Scholar 50

Paylaş